关于西国毛利家的转封，源义时又听取御连判众的意见，认为安芸、石见两国遮蔽阴阳两道与国不利，所以决定调整为出云、石见两国三十万石，宇喜多家获得备前半国十万石领地，尼子家转封备前两郡五万石，因幡武田氏获得伯耆国三万石，备中三村氏获得美作无万石，其他各小号国人获得安堵或转封不一而足。
大友义镇、龙造寺隆信、相良义阳、伊东义佑等九州武士对源义时的号令多有怠慢，虽然及时退出西军却无投效之意，因此归属西军之罪不可免，责令减封并转封亦必不可少，其中龙造寺隆信转封备后半国，相良义阳转封美作国五万石，伊东义佑转封伯耆国五万石，这个减封措施是非常严苛的。
大友义镇转封土佐一国，并告诉他别看土佐一国表高只有不到十万，其实开发新田只需三代人经营便可以提高到三十万石以上，好生劝慰他不要灰心丧气，大友义镇哪会信源义时的鬼话连篇，就算那土佐国真的有那么神奇又能如何？
他可是拥有九州探题，丰前、丰后、筑前、筑后、肥前、肥后六国守护的大大名，坐拥精兵六万俯瞰北九州辽阔的大地，可谓是战将入云猛士如雨，又怎么会让源义时一句话轻飘飘的减封到那犄角旮旯的穷地方，这个土佐国的表高才九万石，还不够塞牙缝的。
大友义镇很恼火，觉得这个右大将简直胡闹，当即就在京都联合龙造寺隆信、相良义阳，伊东义佑商量返回九州发动一揆，结果当晚的阴谋被忍军探知，服部正清带着长尾义景率领的检违非使闯进来，恰好抓住他们在他们写下誓书的空档，可谓是人赃俱获。
源义时得知此事大为震怒，当即就把参与谋逆的九州武士全族俘虏，阖家老幼一起流放到奥州开山挖矿，并处以领地罚没改易的处罚，大友、龙造寺、相良、伊东这四氏的旧臣择优录入东军体系内，如立花道雪、高桥绍运、锅岛直茂等人被直接登为御家人，如甲斐宗运这样强硬派则被一同流放到奥州。
接着就是转封己方的大将，在这个时候却遇到一个难题，是不是应该以征夷大将军的名义开幕，回归大内里的正亲町上皇也在敦促源义时开幕，可朝廷却遇到一个很大的麻烦，当今天皇是足利义昭与织田信长拥立的傀儡，按道理应该废黜流放这个伪皇，比如平清盛曾经拥立的安德天皇就属于这种伪皇，一旦平氏政权崩溃就导致安德天皇跟着平家霸业一起跳入大海自杀，
现在足利义昭与织田信长一囚一死，按照规矩这位伪皇起码要废黜流放处置，可流放这位天皇又要带来一个麻烦，正亲町上皇就只有当今天皇一个嫡子，流放他就必须从伏见宫亲王家扶持一个亲王做天皇，这是正亲町天皇以及朝廷公卿们所不能允许的。
源义时要开幕就必须解决这个麻烦，从夏天打完宇治川之战一直磨蹭到入冬，他就一直呆在京都想办法处理这个巨大的麻烦，理智告诉他应该趁机扶立伏见宫亲王家的孩子做继承人，正亲町上皇恰好有几个犹子就是伏见宫亲王家的嫡子。
可若考虑到朝廷与幕府的关系，他又应该作出这么明显的行为，很容易让人联想起跋扈的北条家，还有同样嚣张的足利尊氏，这样或许会为给幕府与朝廷造成一定的隐患，还会给自己的子孙开一个很不好的头，让他的子孙以为欺负朝廷是一件很容易的事。
当将军不懂得尊重朝廷的权威，就是蔑视武家法度践踏制度的开始，自己制定的法度朝令夕改肆意践踏，就没有资格让人心服更没办法取信于世人，恶的花朵在跋扈中悄然绽放，一如德川幕府两百多年里对朝廷的前倨后恭，最终覆灭一样。
就在他苦恼着不知该如何处理棘手的麻烦，长尾虎姬带着夫人和孩子们来到京都，跟随一起到来的还有他的嫂子近卫贤子以及源义时的两个养女足利辉姬、足利淳姬，当他看到足利辉姬变成越发出落的大姑娘，心里顿时灵光一闪。
“禁中之变里，劝修寺晴丰伙同二条晴良充当佞臣的角色，虽现在已被幽禁于家中不得出户，但他的妹妹藤原晴子却安然无恙，参与谋逆的罪臣之妹不应该继续做女御……”
脑袋的念头一冒出来就无法遏制，源义时不禁抚掌大笑道：“即便让藤原晴子继续做女御也无关紧要，其所生的孩子也将变为庶出而失去成为天皇的资格，所以余决定恭请天皇早立中宫！辉姬生于弘治元年（1555年），年龄比天皇略小三岁，正是一对佳偶，就这么定了！”
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